يضم المتحف نخبة من أثمن وأهم مقتنيات جامعة القاهرة على مدى مائة عام مثل وثائق إنشاء الجامعة التى تضم أول لائحة للجامعة فى 15 إبريل 1908 ومحاضر الجلسات وألبومات صور وسجلات الزيارات والمجموعات النادرة من الكتب والتحف التى أهديت للجامعة ، هذا إلى جانب ثلاث مجموعات من كتاب وصف مصر وأيضا المجموعات الكمالية للأمير يوسف كمال، كما يتضمن المتحف وثائق الحملة الفرنسية متضمنة مجموعة من المستندات الأصلية والقرارات السرية التى أصدرها نابليون بونابرت وكتبها بخط يده إثناء وجوده فى مصر واثار فرعونية ويونانية ورومانية ومجموعات نادرة من المخطوطات باللغة العربية واللغة الحبشية.