تفکر ولایت فقیه پس از دوره صفویه به دوره قاجاریه منتقل شد و در همین
دوران بود که فقیه بزرگی بنام شیخ محمد حسن نجفی درسال ۱۲۰۲ قمری متولد و
در نجف نزد کاشف الغطاء به تحصیل پرداخت و به مرجعیت شیعه رسید. وی به خاطر
تالیف کتاب جواهرالکلام فی شرح شرایع الإسلام که یکدوره کامل فقه شیعه بود
به صاحب جواهر معروف شد. ایشان هم در ابواب مختلف جواهر الکلام به حسب
بحث، مباحثی مربوط به محدوده اختیارات فقیه مطرح کرده است اما در مورد کلیت
این ولایت معتقد است:
اگر ولایت عامه فقیه نباشد، بسیاری از کارهای مربوط به شیعیان معطل می‌ماند.(ج۲۱ص ۳۹۷)
صاحب جواهر کسانی را که درباره ولایت فقیه تردید دارند، مورد نکوهش قرار داده و تلخ گویی می کند، می‌نویسد:
این افراد طعم فقه را نچشیده و از فرمایش ائمه علیهم‌السلام چیزی نفهمیده‌اند(همانجا)
البته
ناگفته نماند که صاحب جواهر هرچند معتقد به اصل ولایت فقیه می باشد، ولی
ایشان ولایت فقیه مشروع را به معنای تشکیل حکومت و جهاد و قیام به واسطه
فقیه نمی دانند. بلکه ایشان این مسائل را از فقها در دوران غیبت، نهی می
کند.( جواهر /ج۲۱ص ۳۹۷) ایشان در جایی می گوید:
«بله ائمه در اموری که
می دانستند در زمان غیبت نیاز نمی باشد به فقها اجازه نداده اند ، همانند
قیام و جهادی که برای دعوت به حق و دعوت مردم به اسلام است که احتیاج به
رهبر، سرداران و لشگرها و حکومت و ازین قبیل دارد. ائمه می دانستند نیازی
به این اذن درعصر غیبت نیست. بنابراین اگر در عصر غیبت امکان جهاد باشد، پس
امام باید ظاهر شود و دولتِ حق حضرت حجه بن الحسن(عج) ظاهر گردد»
ایشان
درادامه هم به این روایت از امام صادق (ع) اشاره می کند که حضرت فرمودند :
«اگر من به تعداد این گوسفندان یار می داشتم قیام می کردم»(جواهر، همانجا)