在修行上，身心結構方面最重要的，就是明瞭大腦的結構，才能進一步清淨意識，即我執與法執。

很多修行人認為，修佛要唸經、唱誦、拜佛、拜懺，而從事聽經聞法的，不外是眼、耳、口和大腦，其中，眼睛注視經懺的文字，口誦經懺文字發出音聲，耳朵聽到法師講經說法，最多再讓音聲通達大腦的意識。這種用感官及意識的修行，效果相當有限。

大腦腦殼內的最外層是大腦皮質層，是現在意識停留的部位。眼、耳、鼻、舌、身是人的五種感官，接觸外境所得的一切反饋，會以眼識、耳識、鼻識、舌識、身識的方式，儲存於大腦皮質層的最外層，而經過收集、整理、汰擇、儲存等過程，值得保存的資訊，則會輸入較深層的記憶皮質層，以如同IC（積體電路）的方式儲存。

相較「現在意識」更深一層的，是過去時空遺留的記憶磁場，稱為「潛意識層」，儲存的多半是過去時空不好的記憶。過去時空的行為有善有惡，善的行為記憶屬於正向的，但惡的行為記憶留存於此，終究會觸動其成熟的機緣，產生負面的果報。

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