這是一集講述了《名偵探柯南》劇場版《天空的劫難船》的故事。內容從飛船上出現名為 紅色暹羅貓 的危險細菌開始，接著恐怖組織劫持了飛船。柯南在飛船上發現了多個炸彈，並與偽裝成工藤新一的怪盜基德合作，一面拆除炸彈，一面調查真相。故事的高潮是柯南利用足球化解了飛船撞橋的危機。最終，謎底揭曉，所謂的殺人細菌其實只是無害的漆，而真正的犯人也被柯南識破並制伏。

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[00:00] 開場與前情提要

主持人葉葉欣向聽眾問好，並回顧上一集的劇情：在天空的節能船（飛船）上，有人感染了名為「紅色恐龍貓」的危險細菌，小藍也因與感染者接觸而陷入危險。同時，怪盜基德偽裝成工藤新一出現在小藍身邊。

[00:52] 危機發生與嫌疑人

柯南思考散播細菌的犯人是誰，並懷疑到一名綁著馬尾的女士。同時，少年偵探團在飛船上探險，柯南則透過追蹤眼鏡發現一個可疑人物潛入倉庫，懷疑他就是散播細菌的元兇。

[01:58] 飛船遭劫與炸彈威脅

恐怖組織「紅色西螺貓」正式劫持飛船，將所有乘客集中到餐廳並沒收手機。柯南在飛船各處發現了大量炸彈，並在拆除過程中險些被首領丟出窗外，幸得怪盜基德及時相救。與此同時，小藍也出現了被感染的症狀。

[03:13] 聯手化解危機

柯南與怪盜基德聯手解除所有炸彈。然而，由於飛船失控，即將撞上大阪的一座大橋。在危急時刻，柯南利用放大後的足球撐住橋梁，讓飛船得以順利通過，化解了撞擊危機。

[04:16] 真相大白與故事結尾

最終真相揭曉，所謂的感染只是無害的漆造成的過敏反應。真正的兇手其實是名為橫綱的記者，目的是為了報復。柯南將其制伏後，危機完全解除。主持人總結了整個故事，並推薦大家觀看原作電影或小說，最後邀請聽眾留言建議下一集的故事主題。