VÚDPaP uskutočňuje základný výskum v oblasti psychológie a patopsychológie detí a žiakov s dôrazom na psychický, osobnostný, emocionálny, somatický a sociálny vývin detí a žiakov a rozvoj psychologickej a pedagogickej výskumnej metodológie. Tiež realizuje aplikovaný výskum v oblasti vývinovej, pedagogickej, školskej, poradenskej a sociálnej psychológie so zameraním na praktické využívanie získaných poznatkov vo výchovno-vzdelávacom procese a poradenskej praxi, ako aj výskum, analýzy, prognózy a expertízy v súlade s poslaním Ústavu.