הפילוסוף מסיים את דבריו, אך דווקא בסיומם מתגלה סדק בתפיסתו: הוא מודה בקיומה של נבואה והשפעה אישית של השכל הפועל – דבר שסותר את כל יסודות שיטתו. רבי יהודה הלוי מנצל את הסדק הזה כדי לחשוף את נקודת המפנה בספר הכוזרי – המעבר מן ההיגיון הקר אל הידיעה החיה. מלך כוזר, שחווה התגלות אישית, מזהה כי מעבר לכל הסבר פילוסופי מסתתר “סוד הנפשות” – מקור החיבור האמיתי בין האדם לאלוקיו.