Il pifferaio magico entra per l'ultima volta in scena, questa volta portando i topi dietro di sè e lasciando la città nel silenzio.
Stufi di essere trattati come animali da laboratorio, i topi decidono di iniziare una protesta. Dopo aver riempito di manifesti la città, una folla di topi si raduna, cantando inni e slogan e invocando i loro diritti. La ribellione assume dimensioni enormi e non può più essere ignorata.
Mentre camminano in un vicolo in città, i nostri amici Topi con le ali si imbattono in un grosso gatto nero che tenta di ottenere la loro amicizia. I topi sono diffidenti, vedendo la difficoltà che il gatto ha nel trattenere i suoi istinti primordiali. Dopo una fuga precipitosa, la situazione si risolve con un esplosivo a base di formaggio.
Ritroviamo i nostri amici ubriachi all'interno di una locanda. Nel clima festoso iniziano a cantare un inno alla vita tutti insieme. Ancora non sanno cosa il futuro ha in serbo per loro.
Durante la trasmissione di un podcast due guardie si accorgono che qualcosa non va. La trasmissione infatti è stata interrotta dai Topi con le ali che si sono intrufolati nell'edificio dell'industria musicale attraverso tunnel sotterranei. Con grande agilità riescono a mettere a punto il loro piano, per poi fuggire attraverso le colline, inseguiti da feroci dobermann neri.
Nel deserto sfreccia una rossa cabriolet con a bordo un topino e una topina. I due amanti sfuggono alle ricerche della polizia, avendo rubato la Gioconda dal Louvre. La loro corsa nel deserto continua senza sosta, tra flirt e frasi ammiccanti che i due membri dei Topi con le ali scambiano tra loro
Dopo essere scappati dal laboratorio di Hofmann, aver rubato la Gioconda, ed essere sfuggiti alle grinfie del piefferaio, i Topi con le ali si trovano finalmente liberi a passeggiare in una strada di campagna. Un dubbio li pervade, cosa faranno ora con la libertà ottenuta? Dopo aver trovato un circo abbandonato decidono di organizzare uno spettacolo di magia, riscuotendo un successo imprevisto.
Entra in scena un sinistro pifferaio. Il losco individuo propone ai topi di entrare nel suo partito "TCLA" ovvero "Topi Che Lavorano Assieme". Ma i Topi con le ali sono diffidenti e non vogliono mettere nessuna firma. Vogliono rimanere liberi e non associarsi ad alcun partito politico. Il pifferaio allora si allontana indispettito, ma solo dopo aver annunciato ai nostri amici che farà il suo ritorno.
La banda dei Topi con le ali fa un ratto. Dopo aver incastrato la guardia con un sonnifero, i nostri amici riescono a conquistare la Gioconda, dipinta dall'italiano Leonardo da Vinci. Liberamente ispirato al furto operato da Vincenzo Peruggia il 21 agosto 1911.
Nel 1943 uno scienziato tra le alpi svizzere scopre una nuova sostanza psicotropa: LSD, la potente molecola psichedelica. I topi rinchiusi nelle gabbie del laboratorio approfittano della sua "assenza" per scappare dal loro destino di cavie.